FIFA 99 představuje elitní soutěž s názvem „European Dream League“, v níž se v ligovém formátu střetává 20 nejlepších týmů z celé Evropy. Šlo také o první díl,
FIFA 99 představuje elitní soutěž s názvem „European Dream League“, v níž se v ligovém formátu střetává 20 nejlepších týmů z celé Evropy. Šlo také o první díl, který obsahoval blok týmů nepatřících do žádné z hlavních lig (tehdy známý pod názvem „Rest of Europe“, jelikož se jednalo výhradně o evropské kluby, z nichž se velká většina účastnila Poháru UEFA nebo Ligy mistrů v sezóně 1998–99). Z grafického hlediska hra přinesla výrazné zlepšení oproti FIFA '98, a to díky implementaci základních animací obličeje, rozdílné výšky hráčů a dalších kosmetických prvků, jako jsou vylepšené dresy a emblémy, byť bez oficiální licence. Hráči si mohou vytvářet také vlastní poháry a ligy a sami si zvolit týmy, které se jich zúčastní.