Ke konci svého života Dr. Light uspěl ve vytvoření prvního z nové série robotů, kteří změní svět. Tento nový robot, schopný myslet a činit vlastní rozhodnutí, p
Ke konci svého života Dr. Light uspěl ve vytvoření prvního z nové série robotů, kteří změní svět. Tento nový robot, schopný myslet a činit vlastní rozhodnutí, představuje velké nebezpečí i velké možnosti. Ze strachu z možných následků vypuštění svého výtvoru do světa se Dr. Light rozhodne uzavřít jej do kapsle a testovat jeho systémy, dokud nebudou naprosto spolehlivé. O jeho osudu bude muset rozhodnout až budoucnost... Poté, co jej z kapsle vysvobodil Dr. Cain, se „X“ rodí do světa budoucnosti, kde jsou vzpoury robotů minulostí. Když se však Dr. Cain pokusí implementovat návrhy Dr. Lighta do nové série Reploidů, něco se strašlivě zvrtne. Budoucnost se nyní ocitá na pokraji zkázy a musí povstat nový Mega Man, aby čelil Sigmovi a jeho armádám dříve, než bude lidstvo vyhlazeno z povrchu planety!
Píše se rok 21XX. Během pokusu o nalezení zkamenělin odhalil lidský vědec Dr. Cain kapsli s robotem z minulosti: Mega Manem X. Kapsle obsahovala varovnou zprávu od jeho stvořitele, Dr. Lighta: VAROVÁNÍ: „X“ JE PRVNÍM Z NOVÉ GENERACE ROBOTŮ, KTEŘÍ DISPONUJÍ INOVATIVNÍ NOVOU VLASTNOSTÍ – SCHOPNOSTÍ MYSLET, CÍTIT A ČINIT VLASTNÍ ROZHODNUTÍ. TATO SCHOPNOST VŠAK MŮŽE BÝT VELMI NEBEZPEČNÁ. POKUD BY „X“ PORUŠIL PRVNÍ ZÁKON ROBOTIKY, „ROBOT NESMÍ NIKDY UBLÍŽIT ČLOVĚKU“, NÁSLEDKY BY BYLY KATASTROFÁLNÍ A OBÁVÁM SE, ŽE ŽÁDNÁ SÍLA NA ZEMI BY JEJ NEDOKÁZALA ZASTAVIT. K BEZPEČNÉMU POTVRZENÍ JEHO SPOLEHLIVOSTI BUDE ZAPOTŘEBÍ PŘIBLIŽNĚ 30 LET. BOHUŽEL SE TOHO DNE JIŽ NEDOŽIJI A NEMÁM NIKOHO, KDO BY V MÉ PRÁCI POKRAČOVAL. PROTO JSEM SE ROZHODL UZAVŘÍT JEJ DO TÉTO KAPSLE, KTERÁ BUDE TESTOVAT JEHO VNITŘNÍ SYSTÉMY, DOKUD NEBUDE JEHO SPOLEHLIVOST POTVRZENA. PROSÍM, NEMANIPULUJTE S KAPSLÍ DŘÍVE, NEŽ TATO DOBA UPLYNE. „X“ V SOBĚ SKRÝVÁ VELKÁ RIZIKA I VELKÉ MOŽNOSTI. MOHU JEN DOUFAT V TO NEJLEPŠÍ. 18. ZÁŘÍ 20XX T. LIGHT Konstrukce X Caina zaujala a začal analyzovat poznámky Dr. Lighta. O několik měsíců později byl Cain schopen vytvořit roboty podobné X, nazvané Reploidi, kteří se začali masově vyrábět po celém světě. Z neznámých důvodů se někteří Reploidi začali chovat divně a útočili na lidi, za což získali označení Maverici. Aby bylo možné čelit jakékoli hrozbě, byla zformována jednotka Maverick Hunters. Jejich vedením byl pověřen Sigma, pokročilý Reploid. Členem Maverick Hunters se stal i X. Čas plynul a Maverick Hunters dokázali udržovat mír, ale jednoho dne se samotný Sigma stal Maverickem a s pomocí dalších Maverick Hunters rozpoutal válku proti lidstvu. Přestože byl X od přírody pacifista, musel začít jednat, a tak se připojil k novému vůdci Maverick Hunters, Zerovi, aby zastavil ambice Sigmy a Mavericků.