Mortal Kombat 3 přináší do této 2D bojové série nové prvky: víceúrovňové arény, útoky typu „Dial-A-Combo“, tlačítko „Run“ pro zrychlení bitev a „Vs.“ kódy, kter
Mortal Kombat 3 přináší do této 2D bojové série nové prvky: víceúrovňové arény, útoky typu „Dial-A-Combo“, tlačítko „Run“ pro zrychlení bitev a „Vs.“ kódy, které odemykají nové síly a schopnosti poté, co oba hráči zadají sekvenci kódů na obrazovce před zápasem. Nechybí ani více úrovňových fatalit a zakončovacích pohybů, zatímco se každý bojovník pokouší utkat tváří v tvář s centauřím vymahačem Motarem a samotným Shao Kahnem.
Shao Kahn, znechucený neustálými porážkami v turnajových bojích poté, co podlehl Liu Kangovi v turnaji ve Vnějším světě, uvádí v chod 10 000 let starý plán. Nechá své Stínové kněze vedené Shang Tsungem oživit svou bývalou královnu Sindel, která nečekaně zemřela v mladém věku. Ta však nemá být oživena ve Vnějším světě, nýbrž v Pozemské říši. To Shao Kahnovi umožní překročit hranice dimenzí a vzít si svou královnu zpět. Když je Sindel v Pozemské říši reinkarnována, Shao Kahn se natáhne skrze dimenze, aby se jí zmocnil. Následkem jeho činu se Pozemská říše stává součástí Vnějšího světa, což okamžitě zabije miliardy lidí. Ušetřeno je pouze několik vyvolených, jejichž duše chrání Rayden. Ten jim sdělí, že Shao Kahn musí být zastaven, ale sám nemůže zasáhnout; vzhledem ke svému postavení nemá ve Vnějším světě žádnou moc a Pozemská říše je s Vnějším světem částečně propojena. Shao Kahn vyslal vyhlazovací čety, aby procházely Pozemskou říší a zabily všechny přeživší.