Ačkoliv Pokémon Stadium 2 disponuje příběhovou linií, postupu ve hře se dosahuje především vyhráváním pohárů ve Stadium a dokončením Gym Leader Castle. Jakmile
Ačkoliv Pokémon Stadium 2 disponuje příběhovou linií, postupu ve hře se dosahuje především vyhráváním pohárů ve Stadium a dokončením Gym Leader Castle. Jakmile hráč získá všechny poháry a zdolá Gym Leader Castle, objeví se jeho Rival. Jeho poražením se odemkne Round 2, v němž musí hráč znovu projít Stadium, Gym Leader Castle i souboj s Rivalem, aby hru definitivně dokončil. V tomto režimu však protivníci disponují jinými Pokémony a obtížnost je mnohem vyšší. Stadium: Hráč začíná výběrem 6 různých Pokémonů. Na výběr je celkem 250 Pokémonů, a to včetně některých legendárních druhů. Turnaje Pokémonů se odehrávají ve Stadium, kde jsou k dispozici čtyři různé poháry (Cups). Každý turnaj se skládá z osmi bitev. S výjimkou Little Cupu a Prime Cupu obsahuje každý pohár čtyři úrovně pojmenované podle Poké Ballů, které musí hráč pokořit, aby daný pohár vyhrál.