Zatímco Lara Croft závodí s časem, aby zachránila svět před mayskou apokalypsou, musí se stát takovou Tomb Raider, jakou jí bylo souzeno být.
Zatímco Lara Croft závodí s časem, aby zachránila svět před mayskou apokalypsou, musí se stát takovou Tomb Raider, jakou jí bylo souzeno být.
Během dvou měsíců od událostí Rise of the Tomb Raider se Lara Croft a její přítel Jonah Maiava věnovali zastavování aktivit polovojenské organizace Trinity. Dvojice vystopuje buňku v mexickém Cozumelu, kterou vede Pedro Dominguez, hlava Nejvyšší rady Trinity. Lara vnikne do nedalekých hrobek, kde Trinity provádí vykopávky, a objeví chrám s dýkou Chak Chel a zmínkami o skrytém městě. Nástěnné malby odkazují na stříbrnou skříňku Ix Chel a varují před „Očistou“, mayskou apokalypsou vrcholící trvalým zatměním Slunce. Lara varování ignoruje a dýku vezme, aby zabránila Trinity v jejím získání. Dominguez ji však dopadne a prozradí, že sebráním dýky Lara Očistu spustila. Dýku jí vezme s úmyslem spojit ji se skříňkou, čímž chce Očistu zastavit a využít získanou moc k přetvoření světa k obrazu svému. Lara a Jonah uniknou vlně tsunami, která zničí Cozumel a předznamená blížící se apokalypsu. Navzdory rostoucímu napětí mezi nimi kvůli Lařiným činům pronásledují Laru a Jonaha Domingueze do Amazonie. Jejich letadlo havaruje v peruánské džungli během druhého kataklyzmatu – mohutné bouře – a oba najdou cestu do Paititi, skrytého města vyobrazeného na malbách. Průzkum místních hrobek odhalí, že probodnutí skříňky dýkou propůjčí uživateli moc boha Kukulkána, která musí být použita k zastavení Očisty. Lara je svědkem masakru vojáků Trinity podivnými humanoidními nestvůrami, později identifikovanými jako Yaaxil, strážci skříňky. Když Lara zachrání chlapce jménem Etzli, je i s Jonahem přivedena do Paititi jeho matkou Unuratu, královnou města. Lara zjistí, že Dominguez je vůdcem kultu zasvěceného Kukulkánovi, a Unuratu prozradí, že jde o jejího švagra Amarua, kterého Trinity unesla jako dítě a vychovala ho, aby dokončil rituál a přetvořil svět k jejich obrazu. Unuratu nasměruje Laru ke skříňce, ale Lara zjistí, že chybí. V domnění, že skříňku už má kult, se ji Lara a Unuratu pokusí ukrást, ale Unuratu je zajata. Lara se také setkává s Yaaxily a jejich vůdkyní Crimson Fire. Lara infiltruje chrám kultu a vyslechne Amaruovo přiznání k Unuratu, že skříňku ukryl Andres Lopez, misionář vyslaný do Paititi organizací Trinity během španělské konkvisty Jižní Ameriky. Lara zachrání Unuratu a uvědomí si, že Amaru rituálu plně nerozumí; namísto pouhého nabytí Kukulkánovy moci ji rituál obětuje k zastavení Očisty. Unuratu je zastřelena komandérem Rourkem, Amaruovým zástupcem. Před smrtí Unuratu zapřísahá Laru, aby rituál dokončila, ale varuje ji, aby se nenechala skříňkou ovlivnit. Rourke zaútočí na Laru a Jonaha, kteří jsou při opouštění Paititi rozděleni. Lara se domnívá, že Jonah zemřel, a propadne běsnění, při němž zničí ropnou rafinerii a zmasakruje všechny přítomné kromě Rourkeho, kterému se podaří uprchnout. Když najde Jonaha živého, na okamžik se zhroutí, ale on ji dokáže uklidnit a společně rozluští polohu skříňky. Lopez, dohnaný skříňkou k šílenství, založil poblíž Paititi misii, kde cvičil akolyty k dokončení rituálu. Lara a Jonah najdou pod misií tajné katakomby vedoucí k Lopezově hrobce a skříňce. Amaru je však najde a donutí Laru skříňku odevzdat. Přizná, že nařídil smrt jejího otce, aby mu zabránil najít Paititi a odhalit ho světu. Lara se snaží Amaru přesvědčit, aby rituál využil ve prospěch světa. Ten odmítá, protože Očista postihne pouze Paititi. Amaru využil svého postavení v Trinity, aby s nimi manipuloval a zabránil zkáze města. Zanechá Laru a Jonaha napospas třetímu kataklyzmatu, mohutnému zemětřesení, které způsobí sesuv půdy a zničí misii. Zpět v Paititi Lara a Jonah pomáhají čerstvě korunovanému Etzlimu vést útok na podzemní chrámový komplex v centru města. Plánují narušit Amaruův obřad a zároveň se vyhnout čtvrtému kataklyzmatu, sopečné erupci ohrožující Paititi. Lara je nucena pokračovat sama poté, co Trinity odřízne Etzliho jednotky. Setkává se s Yaaxily a Crimson Fire a přesvědčí je, aby jí pomohli Amarua zastavit. Lara přijímá symbolickou roli Ix Chel, zatímco Crimson Fire se stává Chak Chel. Zatímco Yaaxilové likvidují Rourkeho a Nejvyšší radu Trinity, Lara se dostane na vrchol chrámu. Nedokáže však zabránit Amaruovi v probodnutí skříňky a vstřebání Kukulkánovy moci ve chvíli, kdy zatmění zakryje slunce. Po dlouhém boji Lara Amarua přemůže; ten přijme porážku a před svou smrtí přenese Kukulkánovu moc na Laru. Věrna varování Unuratu je Lara v pokušení použít skříňku k oživení svých rodičů, ale místo toho se nechá symbolicky probodnout od Crimson Fire, čímž obětuje Kukulkánova ducha a zastaví Očistu. V následných událostech je Unuratu pohřbena a Jonah se rozhodne odjet na dovolenou. Lara zůstává v Paititi, aby pomohla Etzlimu vrátit městu jeho zašlou slávu. Scéna po titulcích ukazuje Laru v sídle Croft Manor, jak plánuje další dobrodružství a uznává, že jejím úkolem není záhady světa řešit, ale chránit je.