Zápletka hry Avalon Code, stejně jako samotná hratelnost, se točí kolem Knihy proroctví (Book of Prophecy) umístěné na dotykové spodní obrazovce Nintendo DS. Ab
Zápletka hry Avalon Code, stejně jako samotná hratelnost, se točí kolem Knihy proroctví (Book of Prophecy) umístěné na dotykové spodní obrazovce Nintendo DS. Aby hráč mohl na její stránky zaznamenat osobu, nestvůru, rostlinu nebo zbraň, provede „Code Scan“, a to tak, že do cíle určeného k zaznamenání udeří samotnou Knihou (která je neustále namapována na tlačítko B). Příběh se soustředí na mladého vesničana, kterého před začátkem děje již týdny trápí prorocké noční můry. V jeho posledním snu, zobrazeném v úvodní filmové scéně, promluví tajemný hlas, který odhalí nejen to, že svět hlavního hrdiny prošel v minulosti nesčetnými reinkarnacemi a je mu souzeno pokračovat v cyklu nápravy, destrukce a znovuzrození, dokud nebude dosaženo „skutečného osvícení“, ale také to, že hlavní hrdina byl mocnostmi osudu pověřen, aby po ohnivé očistě určil, kteří lidé, místa a věci současného světa jsou hodni (či nehodni) přenesení do světa příštího.