Kingdom Hearts 358/2 Days se točí kolem Roxase, „druhého“ hrdiny z Kingdom Hearts II. Hráči sledují Roxase během jeho dnů v řadách Organizace XIII, rozplétají u
Kingdom Hearts 358/2 Days se točí kolem Roxase, „druhého“ hrdiny z Kingdom Hearts II. Hráči sledují Roxase během jeho dnů v řadách Organizace XIII, rozplétají události, které se odehrály během roku, kdy Sora spal, a nakonec odhalí jedno z nejšokujících tajemství ságy Kingdom Hearts. Hráči a jejich přátelé se připojí k Roxasovi, jeho příteli Axelovi a záhadné čtrnácté člence Organizace XIII na cestě napříč okouzlujícími, živoucími světy plnými milovaných postav od Square Enix a Disneyho.
Hra sleduje příběh Roxase před událostmi Kingdom Hearts II. V den, kdy se zrodil jako Sorův Nobody, když se Sora v původním Kingdom Hearts proměnil v Heartless, najde Roxase v Twilight Townu Xemnas, vůdce Organizace XIII, který ho jmenuje jejím třináctým členem. Každý den je vysílán na mise do jiných světů, buď sám, nebo v doprovodu ostatních členů, aby pomocí Keybladu ničil Heartless a osvobozoval zajatá srdce, s jejichž pomocí může Organizace naplnit svůj cíl – vyvolat Kingdom Hearts a stát se úplnými bytostmi. Roxas je svěřen do péče Axela, s nímž se spřátelí a tráví s ním volný čas na konci každého dne sezením na vrcholu hodinové věže v Twilight Townu, kde společně probírají, co mají na srdci, a jedí sea-salt zmrzlinu. Krátce po Roxasově přijetí se Organizace shromáždí v Round Room, aby se stala svědkem příchodu záhadného čtrnáctého člena, Xion. Její vzhled se u každého člověka liší v závislosti na jeho vztahu k ní. Později, když je Axel a několik dalších členů vysláno do Castle Oblivion (což připravuje půdu pro Kingdom Hearts: Chain of Memories), je Roxas přidělen do dvojice k Xion.