Vesmírní piráti, nemilosrdní agenti zlé Mother Brain, ukradli z výzkumné stanice posledního Metroida a Mother Brain tak znovu ohrožuje bezpečnost galaxie! Samus
Vesmírní piráti, nemilosrdní agenti zlé Mother Brain, ukradli z výzkumné stanice posledního Metroida a Mother Brain tak znovu ohrožuje bezpečnost galaxie! Samus Aran musí povolat do akce svůj úžasný arzenál hi-tech zbraní, aby získala zpět smrtícího Metroida ukrytého hluboko v jeskynních systémech planety Zebes. Super Metroid nabízí vynikající grafiku s obrovskou rozmanitostí nepřátel a světů k prozkoumání. Akce z bočního pohledu bude mnoha hráčům povědomá, jen se v ní nově objevují zbraně a předměty, včetně Grappling Beamu, který Samus umožňuje přehoupnout se přes velké propasti, a X-Ray Scopu, který odhaluje tajné průchody.
Poté, co Samus dokončila svou misi a na příkaz Galaktické federace vyhladila celou populaci Metroidů na planetě SR388 (s výjimkou čerstvě vylíhnutého Metroida, kterého pojmenovala „Baby“), převezla mládě na vesmírnou kolonii Ceres k výzkumu. Krátce po svém odletu však ze stanice zachytila nouzový signál a vrátila se situaci prověřit. Když Samus dorazí do akademie vesmírných věd, kde bylo Baby studováno, nachází všechny vědce zmasakrované a úložný box, v němž bylo Baby drženo, je pryč. Při dalším průzkumu stanice objeví Baby v malé kapsli. Jakmile se k ní přiblíží, objeví se Ridley a kapsle se zmocní. Po krátkém souboji Samus Ridleyho zažene, ten však aktivuje autodestrukční sekvenci, aby kolonii Ceres zničil. Poté, co Samus unikne výbuchu, prchá Ridley na Zebes a Samus se vydává v jeho stopách.