Pohybuj se jako stín. Udeř jako had. Poté, co shromáždil armádu nindžů a pánů temnot, započal tajemný Tenrai svou výpravu za dobytím Japonska 16. století. Nyní
Pohybuj se jako stín. Udeř jako had. Poté, co shromáždil armádu nindžů a pánů temnot, započal tajemný Tenrai svou výpravu za dobytím Japonska 16. století. Nyní tě tvůj pán, lord Gohda, povolal – jakožto lstivého zabijáka – abys zastavil Tenraie a jeho učedníky, než bude vše ztraceno. Žij pro čest. Zabíjej ze stínu.
Poté, co byl pán Mei-Oh poražen ve hře Tenchu: Stealth Assassins, zůstal Rikimaru v pevnosti pána Mei-Oh, kde držel obří balvan, aby zajistil únikovou cestu pro Ayame a princeznu Kiku. Zdálo se, že zůstal uvězněn a ponechán napospas smrti. Ayame zapíchla Rikimarův meč „Izayoi“ (který Rikimaru tasí v úvodním CG videu Wrath of Heaven) do sněhu jako pomník svému spolubojovníkovi, který byl považován za mrtvého. O rok později Rikimaru hlásí pánu Gohdovi, že se mu podařilo tento zážitek blízké smrti přežít; aniž by to však tušili, skutečný Rikimaru je uvězněn ve 20. století a snaží se najít cestu zpět do své doby. Děj hry se odvíjí odlišně v závislosti na zvolené postavě, ale v určitých bodech se propojuje. Příběh se točí hlavně kolem Rikimarova návratu a boje o Tři drahokamy (Three Jewels), o nichž se říká, že dávají moc těm, kdo je vlastní. Jsou to Drahokam Nebe, Země a Ctnosti. Tenrai, zlý čaroděj, který se jich chce zmocnit, nařídí skupině svých mužů, aby drahokamy vzali komukoli, kdo je drží. Po setkání s Rikimarem se však zdá, že ho zaujala jeho síla, a pokusí se ho přesvědčit, aby se přidal k jeho mužům. Rikimaru odmítá a on i Ayame se postupně utkají s každým z nich. Jedním z mužů v Tenraiově arzenálu je Onikage, který mu slouží pouze proto, aby mohl uskutečnit svůj plán na oživení Mei-Oha (svého bývalého pána) a Tatsumarua (bývalého vůdce klanu Azuma Ninja, kterého Tenrai oživil). Rikimaru a Ayame následují Tenraie do jeho pevnosti, aby mu zabránili ve zničení světa pomocí moci získané ze dvou drahokamů. Pokud bude poražen, do Gohdovy země se vrátí mír.