Na vnějším okraji vesmíru zůstávají lidští obyvatelé planety Zi uvězněni v nekončících bojích. Populace, rozdělená mezi dobro a zlo, využívá obří živoucí formy
Na vnějším okraji vesmíru zůstávají lidští obyvatelé planety Zi uvězněni v nekončících bojích. Populace, rozdělená mezi dobro a zlo, využívá obří živoucí formy zvané Zoidi k vzájemným bitvám o nadvládu nad tímto světem. Během nedávného experimentu se zbraněmi došlo na planetě Zi k nechtěné časoprostorové fúzi, která způsobila střet válečníků Zoidů ze dvou ér – Chaotic Century a New Century. Nyní veškeré naděje na navrácení planety Zi do normálu spočívají na Zeruovi, nadějném válečníkovi Zoidů. Pomozte Vanovi, Fioně, Bit Cloudovi a Zeruovi využít plnou sílu ZOIDŮ k nastolení míru v jejich světě. Jak se příběh odvíjí, hráči si mohou upravovat a vylepšovat své vlastní unikátní Zoidy, aby zvýšili jejich efektivitu a prováděli kombinované útoky. Hra Legacy, která v Japonsku vyšla pod názvem Zoids Saga II, obsahuje více než 140 různých typů Zoidů, z nichž každý lze přizpůsobit pomocí různých zbraní a nových barevných schémat.