Spider-Man: Edge of Time navazuje na Shattered Dimensions a podobně i zde hraje hlavní roli více než jeden Spider-Man. V tomto případě jde o běžného, klasického
Spider-Man: Edge of Time navazuje na Shattered Dimensions a podobně i zde hraje hlavní roli více než jeden Spider-Man. V tomto případě jde o běžného, klasického „Amazing“ Spider-Mana a Spider-Mana 2099 – v příběhu plném cestování v čase, temporálních bitev a Anti-Venoma. Páteř tohoto příběhu působí spíše jako dobrodružství Spider-Mana 2099, protože on je jedinou postavou, která si plně uvědomuje dění ve hře a změny, se kterými se oba Spider-Mani potýkají. Od samého začátku je situace pro Amazing Spider-Mana pochmurná, jelikož hru začíná na pokraji smrti, a 2099 je jediný, kdo mu může pomoci. Na scénu vstupuje nový záporák Walker Sloan s plánem přebudovat minulost (z roku 2099) k obrazu svému, což ovlivní oba hrdiny. Od tohoto okamžiku se rozpoutá chaos v typickém komiksovém stylu, přičemž hratelnost je rovnoměrně rozdělena mezi Amazing Spider-Mana a Spider-Mana 2099 a jednotlivé úrovně jsou vzájemně protkány událostmi ovlivňujícími oba pavoučí muže.