Děj hry Mega Man X7 se odehrává ve 22. století, v éře, kdy lidé žijí po boku humanoidních robotů zvaných „Reploidi“. Protože se někteří Reploidi dopouštějí nási
Děj hry Mega Man X7 se odehrává ve 22. století, v éře, kdy lidé žijí po boku humanoidních robotů zvaných „Reploidi“. Protože se někteří Reploidi dopouštějí násilné a destruktivní trestné činnosti, byla založena policejní organizace „Maverick Hunters“, aby tyto aktivity potírala. V nově vybudovaných městech kriminalita Mavericků narůstá. Zatímco tato nová vlna zločinu udeří, X odchází do ústraní, unaven nekonečnými bitvami. Na scéně se objevuje nová skupina vigilantů, Red Alert. Jeden z jejich členů, Axl, se rozhodne, že už má jejich „vraždění“ dost, a pokusí se skupinu opustit. Reda, vůdce skupiny, Axlova dezerce rozhněvá a rozpoutá běsnění, aby získal Axla zpět.
Po incidentech s Eurasií a Nightmare Reploidi usilovně pracují na obnově Země. X, unavený zdánlivě nekonečnými válkami s Mavericky, se rozhodne odejít do ústraní a hledat mírovější řešení, přičemž velení přenechává Zerovi. V X-ově nepřítomnosti aktivita Mavericků prudce narůstá, což vede ke zformování nepovolené domobranecké skupiny proti Maverickům známé jako Red Alert. Jak se skupina stává čím dál bezohlednější, jeden z jejích členů, prototyp Reploida nové generace jménem Axl, se rozhodne zběhnout. Red, vůdce skupiny, je Axlovou dezercí rozzuřen a rozpoutá běsnění s cílem získat ho zpět.