Kritická mise... Zero se pohřešuje... Vyhledejte a zachraňte ho! Uplynuly tři týdny od chvíle, kdy se Země těsně střetla s vesmírnou kolonií Eurasia. Katastrof
Kritická mise... Zero se pohřešuje... Vyhledejte a zachraňte ho! Uplynuly tři týdny od chvíle, kdy se Země těsně střetla s vesmírnou kolonií Eurasia. Katastrofě se podařilo zabránit díky Zerovu hrdinství. Nyní se na zdevastované a zbité planetě začínají objevovat zprávy o řádících Reploidech. Je na Mega Manovi X, aby tyto záhady vyšetřil, ale nebude to mít lehké. Mega Man X se musí probojovat bludištěm úrovní a cestou zachraňovat Reploidy. Vracejte se do bitvy znovu a znovu díky novému systému Nightmare, který náhodně mění mapy úrovní, nepřátele a konce podle toho, jak hru hrajete. Mega Man X je zpět a tentokrát je to osobní!