V další Zerově misi padne hrdina do pasti nastražené bezohledným velitelem Neo Arcadie. Ten má v plánu Zera oklamat a využít ho k tomu, aby znovu rozpoutal chao
V další Zerově misi padne hrdina do pasti nastražené bezohledným velitelem Neo Arcadie. Ten má v plánu Zera oklamat a využít ho k tomu, aby znovu rozpoutal chaos mezi reploidy a lidmi. Dokáže však uspět? LAN hra pro více hráčů. Pokud máte dvě kazety a propojovací kabel, mohou hráči propojit dvě GBA a zúčastnit se hry pro dva hráče. K dispozici jsou tři režimy: - Time Attack – Určete cíl někde v úrovni. Po třech pokusech vyhrává hráč s nejkratším časem dosažení cíle. - Enemy Battle – Porazte v časovém limitu co nejvíce nepřátel z generátoru. - Get Item – Nasbírejte v časovém limitu co nejvíce předmětů z mapy.
Uplynul rok od chvíle, kdy Zero porazil Copy X. Od té doby trávil čas blouděním pouští, kde odrážel jednu vlnu Pantheonů za druhou. Na začátku hry se Zero unaveně probíjí písečnou bouří, zahalen do potrhaného pláště. Jakmile se vítr uklidní, zjistí, že ho nepřátelé opět pronásledují. Přestože je v zuboženém stavu, má popraskané brnění a poškozené zbraně (jeho Rod a Shield jsou nepoužitelné), odhazuje plášť do větru a tasil svůj Buster Shot na obranu. Mezitím se velení nad Neo Arcadií ujali tři zbývající členové Čtyř strážců (Phantom se sám zničil při pokusu zastavit Zerův útok na Areu X v předchozí hře), v jejichž čele stanul Harpuia. Smrt Copy X byla utajena, neboť ho lidé uctívali jako svého spasitele. Harpuia opouští Neo Arcadii a po bitvě v poušti narazí na Zera. Přenese ho na novou základnu Odboje, kde je Zero opraven a znovu se shledává s Ciel a zbytkem Odboje. Také se setkává s jejich novým velitelem, kterým je Elpizo. O samotě v kanceláři Ciel vypráví Zerovi o změnách, ke kterým došlo během roku jeho nepřítomnosti, a připomíná mu svůj hlavní cíl – vytvořit nový energetický systém. Ukáže mu Baby Elfa, který je základem jejího současného výzkumu.