Právě když si Mega Man X myslel, že porazil všechny X-Huntery, o několik měsíců později vypukne povstání v opuštěné továrně. Zatímco 8 zbrusu nových X-Hunterů z
Právě když si Mega Man X myslel, že porazil všechny X-Huntery, o několik měsíců později vypukne povstání v opuštěné továrně. Zatímco 8 zbrusu nových X-Hunterů zaměstnává Mega Mana X, trojice hrozeb plánuje vzkřísit tajnou zbraň, která je až příliš povědomá! Dobrotivý Dr. Light poskytuje Mega Manovi X neuvěřitelné nové schopnosti ukryté v kapslích hluboko pod povrchem. A díky novým dopravním prostředkům, jako je mobilní útočná motorka, a schopnostem, které získá od X-Hunterů, bude Mega Man X připraven čelit svému osudu jako Maverick Hunter. Teď jde Mega Manovi X o všechno, nebo o Zera!
Šest měsíců po vzpouře Sigmy, nejmocnějšího repliloida v historii. Počet irregulárů, který se kdysi zdál být na ústupu, nadále rostl a základny irregulárních lovců byly na různých místech ničeny. Irregulárové, kteří tyto incidenty způsobovali, měli voperovány speciální řídicí čipy, na nichž byl vyryt znak „Σ“, o kterém se předpokládalo, že byl zničen.