Mega Man X a jeho věrný parťák Zero musí čelit nové hrozbě. Kdo nebo co vyvolalo vzpouru Mavericků v experimentální utopii známé jako Doppler Town? Doppler Tow
Mega Man X a jeho věrný parťák Zero musí čelit nové hrozbě. Kdo nebo co vyvolalo vzpouru Mavericků v experimentální utopii známé jako Doppler Town? Doppler Town, pojmenované po vědci z řad reploidů, mělo být místem, kde lidé a reploidi žijí v harmonii. Poté, co byl objeven virus měnící reploidy v Maverickery, sklidil Dopplerův antivirus velký úspěch. Sám Doppler se však virem nakazil a sestavil tým, který má zlikvidovat jednotky Maverick Hunterů. Dopplerův efekt se začíná projevovat a Mega Man X se Zerem jsou jediným lékem na tento smrtící virus!
Zero, který se vrátil jako Irregular Hunter, se stal velitelem speciální jednotky Zero a pokračoval v likvidaci Irregularů společně s Xem, jenž působil jako velitel 17. elitní jednotky, a dalšími Huntery v jednotce. Ve stejné době Dr. Doppler, Repliloid vědeckého typu, provedl výzkum, který odhalil, že příčinou vzniku Irregularů je počítačový virus „Sigma Virus“. Vyvinul speciální antivirovou látku a navrhl její aplikaci Repliloidům, díky čemuž počet Irregularů skutečně klesl. Dr. Doppler následně oznámil záměr vybudovat „Doppeltown“, mírové město, kde by lidé a Repliloidé mohli žít v koexistenci, čímž si získal podporu obou stran. O několik měsíců později však Doppler a jeho Repliloidé, kteří byli vystaveni zmíněné antivirové látce, vyvolali vzpouru. Irregular Hunters prohlásili Dopplera a účastníky povstání za Irregulary a X s Zerem dostali rozkaz vyrazit do akce.